Bij het gebruik van peptiden komen we vaak indicatoren van peptidezuiverheid en peptidegehalte tegen. Veel mensen vragen zich misschien af waarom hun peptidezuiverheid 95% is, maar het peptidegehalte slechts 80%. Dit komt omdat dit twee totaal verschillende concepten zijn.
Peptidezuiverheid: Peptidezuiverheid verwijst naar de hoeveelheid doelpeptide die wordt gedetecteerd bij 214 nm (214 nm is de absorptiegolflengte van de peptideketen) met behulp van HPLC-analyse.
Peptidegehalte: dit verwijst naar het percentage peptiden ten opzichte van niet-peptidenstoffen in een monster.
De zuiverheid van een peptide verwijst naar de inhoud van het doelpeptide gedetecteerd door HPLC bij 214 nm (214 nm is de absorptiegolflengte van de peptideketen). Naast het doelpeptide kan HPLC onzuiverheden detecteren, waaronder: verwijderde sequenties (doelsequenties waarbij één of meer aminozuurresiduen ontbreken), ingekorte sequenties (sequenties gegenereerd tijdens bescherming) en onvolledig ontschermde sequenties (resulterend in het syntheseproces of het uiteindelijke splitsingsproces). HPLC kan echter geen water en restzouten zoals trifluoracetaat (TFA) en acetaat detecteren. Tijdens de peptidesynthese wordt de peptidesequentie met behulp van TFA van de hars gesplitst, en tijdens de zuivering wordt ook een kleine hoeveelheid TFA gegenereerd. Daarom kunnen de vrije aminoterminus en andere zijketens van het peptide, zoals Arg, Lys en His, kleine hoeveelheden TFA-onzuiverheden genereren. Een ander probleem is vocht. Peptiden worden gewoonlijk gedehydrateerd door middel van lyofilisatie, maar toch zal er in verschillende mate water aanwezig zijn, afhankelijk van het covalente bindingsvermogen. Daarom bevatten afgeleverde peptiden doorgaans TFA-zouten en sporenhoeveelheden water, die niet detecteerbaar zijn met HPLC, wat leidt tot verschillen in peptidegehalte en zuiverheid.
